Stanislav Güntner studierte Regie an der Hochschule für Fernsehen und Film München u.a. bei Doris Dörrie und Werner Schroeter. Er war Stipendiat der Drehbuchwerkstatt München, wo sein Drehbuch "Nemez" mit dem Tankred-Dorst-Drehbuchpreis ausgezeichnet wurde.
Mit der Verfilmung von "Nemez" realisierte Güntner seinen ersten Spielfilm, der bei den 46. Internationalen Hofer Filmtagen den Kodak Eastman Förderpreis für beste Nachwuchs-Regie erhielt. Neben mehreren Auszeichnungen bekam der Film den Bayerischer Filmpreis – VGF-Preis.
Als Autor arbeitete Stanislav Güntner für Andrei Konchalovsky Production Center. Er beteiligte sich an der Entwicklung des Drehbuchs über das Leben von Michelangelo, das unter dem Titel "Sin" von Andrei Konchalovsky verfilmt wurde. Bei Konchalovskys Film "Paradise" übernahm Güntner die 2nd Unit Regie. Aktuell arbeitet Güntner an seinem ersten amerikanischen Spielfilm.